东吴大学是由美国基督教差会监理会创建，其前身可以追溯到1871年由监理会在苏州创建的存养书院，于1879年迁至天赐庄后改名博习书院。
博习书院
1900年创建东吴大学堂时基础为监理会于1896年在苏州创建的宫巷书院，宫巷书院3月迁入博习书院旧址（天赐庄）。次年6月24日，在美国田纳西州以“Central University in china”名称注册。初期招收中学班，于1905年开始招收大学生。
宫巷书院
1911年3月，监理会在上海创建的上海中西书院并入东吴大学堂。1912年初，改名东吴大学。1915年在原上海中西书院原址设立法科，开始两地办学。
上海中西书院
东吴大学
至1926年，东吴大学学科发展包括文、理、医、神学及法科（上海），另有4所附中，二十所附小等组成了完整的东吴教育体系。神学于当年改为选修课，且校董会三分之二由中国人担任。
1929年，东吴大学向民国政府教育部备案注册。
1952年全国院系大调整时期，东吴大学被撤销，法学院并入现华东政法大学，会计相关专业并入现上海财经大学，在苏州的院系并入现江苏大学。
